游戏战斗很有特色，分为三轮，战斗前两轮为回合单挑模式，每个忍者单挑一名敌人，无对手时轮空，全部单挑分出胜负，如果某一方未被全灭或五回合内不分胜负会自动进入下一轮，第二轮结束后还没有分出胜负进入查克拉比拼模式。查克拉比拼模式中，双方剩余忍者的查克拉值与剩余血量相加之后互相比拼，先比拼查克拉，查克拉耗尽后比拼血量，某一方血量归零则失败。如何安排忍者的对位也有小小的策略在其中，耐玩性极高。战斗中忍者们会触发忍术，A、B级忍术会播放出极其华丽的动画效果。